La BEI finance ses opérations en empruntant sur les marches des capitaux plutôt qu'en faisant appel au budget communautaire. La Banque jouit d'une indépendance décisionnelle au sein du système institutionnel de l'UE.
Les structures de direction et de contrôle de la BEI reflètent cette indépendance et permettent à la Banque de prendre des décisions concernant ses activités de prêt et d'emprunt sur la seule base de l'intérêt des projets et des meilleures conditions disponibles sur les marchés financiers.