La plupart des relations institutionnelles de la Banque européenne d'investissement avec le milieu universitaire vont prendre la forme d'une action conjointe BEI-universités en faveur de la recherche, qui comporte trois programmes distincts.
Par le biais du fonds que gère le Comité des subsides, la BEI peut également octroyer des subventions modestes pour soutenir des activités universitaires spécifiques présentant un intérêt paneuropéen évident.
Il existe aussi un programme de stages de courte durée à la BEI. Ce programme offre à un petit nombre d'étudiants en dernière année d'étude à l'université la possibilité de découvrir le mode de fonctionnement d'une institution de l'UE.